故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那…

　　世界的崩溃开始了。　　暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、　　用强大的力量进化成了秩序兽。　　根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。　　在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。　　现在太一不在了，能代…

　　缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。　　…

　　宁静祥和的空座镇迎来金黄色的秋天，黑崎一护（森田成一 配音）和朽木露琪亚（折笠富美子 配音）刚刚处理完虚作乱的事件，镇车站旁便出现成群的欠魂。它们四处游走，任何驱逐方法都失去效力。正当他们一筹莫展之时，持有斩魂刀“弥勒…

　　在负责押送尸魂界王族秘宝“王印”的途中，一股神秘力量突然袭来，十番队虽奋力反击，却终究丢掉秘宝，日番谷冬狮郎（朴璐美 配音）也在阵前莫名逃亡。不久，日番谷临阵逃脱的报告传遍尸魂界，黑崎一护（森田成一 配音）从二番队队长…

　　这也是，某个冬日的故事。山梨的女高中生志摩凛，乘着钟爱的机车一路前往滨名湖。从除夕这天开始，久违了的单人露营。从山梨出发前往静冈县磐田。在磐田迎来新年，今天则是第三天。虽然行驶了相当长的距离，但仍然感觉很开心。就在此…

　　六年级的小学生进藤光（川上友子 配音）无意中翻出了爷爷家的旧棋盘。触碰棋盘的一瞬间也释放出了寄居在其上的平安时代棋士藤原佐为（千叶进步 配音）的灵魂。附身于小光体内的佐为视棋如命，小光在其软磨硬泡下开始下围棋，接触了一…